AI文档查重的应用存在一些局限性，具体表现如下：

1. 数据局限性：查重软件通常基于已知的文本数据进行训练，因此在处理新的文本时可能会出现不准确的情况。此外，这些数据通常是已知的、规范的文本，因此在处理一些特殊的、非常规的语言形式时可能会存在限制。
2. 识别准确性：AI文档查重软件在比对文本相似度时，可能会出现误判。一方面，它可能会将一些合法的、开放的文本识别为非法的、机器翻译的文本，从而导致风险和不准确性；另一方面，它也可能无法准确区分引用和抄袭，这也会影响其查重结果的准确性。
3. 无法替代人工审查：尽管AI文档查重可以快速完成文章相似度计算和评估，但它无法替代人工审查。人工审查可以更准确地判断文本的原创性和学术诚信度，同时也可以根据具体情况进行灵活的调整和判断。
4. 成本问题：虽然AI文档查重的成本相对较低，但一些高级查重软件仍然需要付费使用。对于一些个人或小型学术机构来说，这可能会增加额外的经济负担。

综上所述，虽然AI文档查重的应用存在一些局限性，但它的优势在于快速准确、全面细致以及自动化智能。在使用过程中，用户应当结合具体情况和需求，合理使用这一工具，并同时保持对新技术的学习和了解。