如果京东店铺商品遇到恶意差评，可以采取以下措施：

与消费者进行沟通：首先可以尝试与消费者进行沟通，了解差评的具体原因。如果是对商品本身或服务不满意，可以积极解决问题，提供改进方案，争取让消费者修改差评。如果是恶意差评，需要保留与消费者的沟通记录，以便后续维权。

提供证据：对于恶意差评，需要提供相关证据，例如与消费者的聊天记录、商品照片、订单信息等。这些证据可以帮助平台判断差评的真实性，并对恶意差评进行打击。

发起申诉：如果商家认为差评不实或存在欺诈行为，可以向京东平台发起申诉。在申诉时，需要填写相关表格和提交证据。京东平台会对申诉进行审核，如果认为商家申诉理由成立，会将差评删除或更正。

联系京东客服：如果商家遇到困难，可以联系京东客服协助解决问题。京东客服会对商家的申诉进行审核，并帮助商家解决问题。

寻求法律途径：如果恶意差评涉及到诽谤、侵犯隐私等违法行为，商家可以寻求法律途径维护自身权益。可以通过起诉、报警等方式维护自身权益。