业务流程自动化的缺点主要包括以下几个方面：

技术成本高：实施业务流程自动化需要投入大量的资金用于软件、硬件的购买、开发和维护。特别是在初期实施阶段，可能需要进行大量的工作，并可能需要聘请专业的技术人员进行支持，这增加了企业的开销。

维护成本高：企业自动化管理需要对硬件和软件进行定期维护和更新，否则可能会出现系统崩溃、数据丢失等问题。这需要专业技术人员进行维护，进一步增加了企业的成本。

信息安全问题：业务流程自动化需要使用互联网和其他通信渠道进行信息的传输和共享，这可能导致信息泄漏、数据被窃取等安全隐患。

缺乏灵活性：一旦业务流程自动化建立，其业务流程和数据处理方式都会固化下来，这使得企业难以灵活地应对外部环境的变化和内部业务流程的调整。在某些情况下，对自动化系统进行修改可能需要大量的时间和资源。

初始实施阶段的困难：在业务流程自动化的初始实施阶段，企业可能会遇到一系列挑战，如员工对新技术的抵触心理、需要重新设计或调整现有流程以适应自动化等。这些困难可能会导致实施过程中的延误和额外成本。

对员工的影响：虽然业务流程自动化可以提高工作效率和减少错误，但它也可能导致员工的角色和职责发生变化。一些员工可能会担心自己的工作被机器取代，从而产生不安和抵触情绪。因此，在实施业务流程自动化时，企业需要关注员工的感受并进行适当的沟通和培训。

业务流程自动化的具体缺点可能因企业规模、行业特点、实施方式等因素而有所不同。在实施业务流程自动化之前，建议企业进行全面的评估和分析以确保决策的科学性和合理性。